Вход в пещеру представляет собой отверстие, образовавшееся в результате обвала части кровли верхнего зала. Сейчас в него уже не надо спускаться по бревну, как в начале XX века, или по сомнительной прочности деревянным лестницам, установленным позже: вниз ведет удобная металлическая лестница. Пещера состоит из нескольких крупных залов и галерей нижнего этажа, по которому протекает река. По красоте и величию она превосходит многие из подземных комплексов. Пещера оборудована пешеходными дорожками, лестницами и ограждениями. Электрическое освещение от дизельной установки позволяет разглядеть сказочное богатство подземного храма. 

В самом конце галереи верхнего этажа, в левой его части располагается небольшая камера с обилием натеков, которая первоисследователями была названа Алтарем. 

Сразу же за Алтарем находится резкий уступ, уводящий в Богатырский зал. Отсюда по нескольким направлениям можно спуститься к реке, протекающей по третьему, если считать сверху, этажу полости. Если после спуска к реке двигаться вверх по ее течению, то на участке между Богатырским и Ракетным залами можно наблюдать хорошо сохранившиеся многочисленные натеки. 

Пещера выработана в верхнеюрских известняках и доломитах. Вход в Большую Азишскую пещеру представляет вертикальный колодец. В полости четко выделяется несколько уровней, отделенных друг от друга вертикальными или круто падающими уступами. По дну самого нижнего хода протекает река. 

Общая длина пещеры 690 м, а глубина 37 м. В пещере есть различные натечные образования: колонны, сталактиты, сталагмиты, натечные кары. 

Микроклиматические съемки показали, что температурный режим воздушной среды в пещере испытывает сильное влияние окружающих его почвогрунтов, он занимает промежуточное положение между температурой приземного слоя воздуха и почвой, т.е. для температуры воздуха пещеры характерны черты как атмосферы, так и почвы. Температуры воздуха в пещере в целом изменяются по сезонам мало. Они колеблются в среднем от 4° до 6°С.